Trước khi tham gia ngành bưu điện, ông Nguyễn Anh Tuấn từng là giảng viên của Trường Đại học Đà Lạt[2]. Trong giai đoạn 1994-1997, ông làm việc tại Trung tâm Teltic, thuộc Bưu điện tỉnh Khánh Hòa[3]. Trong thời gian này, ông thành lập VietNet, mạng thông tin dịch vụ công cụ đầu tiên dựa trên Internet ở Việt Nam[3].

Tháng 5 năm 1997, ông ra Hà Nội giữ chức phó giám đốc Công ty Điện toán và Truyền số liệu VDC (thuộc Tập đoàn Bưu chính Viễn thông Việt Nam - VNPT).

Năm 2004 tham dự chương trình Advanced Management Program của Harvard Business School và sau đó dành bốn tháng làm nghiên cứu về báo chí tại Shorenstein Center[2] đều của Đại học Harvard.[4][5]

Ông được bổ nhiệm chức vụ giám đốc Công ty Phát triển phần mềm (VASC) sau này được đổi tên thành Công ty Phần mềm và Truyền thông kiêm tổng biên tập báo điện tử VietNamNet trong hơn mười năm. Hiện báo Điện tử Vietnamnet đã tách ra khỏi Công ty Phần mềm và truyền thông và chuyển về Bộ Thông tin Truyền thông.

Ông trước là tổng biên tập tạp chí công nghệ thông tin truyền thông viễn thông eChíp trước thuộc Công ty Phát triển phần mềm VASC, nay thuộc Báo Điện tử VietnamNet.

Ông là trưởng ban tổ chức bình chọn danh sách 500 doanh nghiệp lớn nhất (VNR 500)[6] do báo điện tử VietNamNet kết hợp với Công ty Cổ phần Báo cáo đánh giá Việt Nam (Vietnam Report) công bố bảng xếp hạng Top 500 doanh nghiệp lớn nhất Việt Nam (VNR500) theo mô hình của Fortune 500, bắt đầu từ năm 2007.

Ngày 20 tháng 3 năm 2008, ông có đơn xin nghỉ việc tại với lý do "muốn dành thời gian cho cuộc sống bản thân và gia đình"[7], nhưng đến khi VietNamNet được bàn giao từ Tập đoàn Bưu chính Viễn thông về Bộ Thông tin và Truyền thông, ông vẫn là Tổng biên tập VietNamNet[8].

Ngày 2 tháng 3 năm 2011, một lần nữa ông nộp đơn xin thôi việc[9]. Cùng ngày, ông đã đắc cử chức phó chủ tịch Hội Truyền thông số Việt Nam (VDT Association).

Sau khi rời Vietnamnet, ông có làm cán bộ nghiên cứu ngắn hạn (nửa tháng) tại Đại học California.[4] Ông Tuấn hiện làm nhân viên nghiên cứu (associate) tại Shorenstein Center on the Press, Politics, and Public Policy, đại học Harvard.[10]

Là người khởi xướng và Tổ chức Hoà nhạc Điều Còn Mãi vào lúc 2 giờ chiều ngày quốc khánh 2/9 hàng năm ở Nhà hát Lớn Hà nội.

Là Người khởi xướng và tổ chức Hoà nhạc Hoà Giải hàng năm bắt đầu từ Hà Nội 4/2010 và sau đó tổ chức hàng năm ở Boston, năm 2017 được Chương trình Giáo dục Công dân toàn cầu của UNESCO và Đại học UCLA ghi nhận và đồng tổ chức như là Hoà nhạc hoà giải cho công dân toàn cầu.

Là Thành viên Hội đồng Cố vấn Toàn cầu Trường Kinh doanh Harvard từ năm 2008

Cùng với Thống đốc Michael Dukakis và các giáo sư Harvard Thomas Patterson, John Quelch, sáng lập Diễn đàn Toàn cầu Boston từ 12/2012 (Thống đốc Michael Dukakis là Chủ tịch Diễn đàn Toàn cầu Boston), Nguyễn Anh Tuấn là Giám đốc Diễn đàn Toàn cầu Boston.

Cùng với Thống đốc Michael Dukakis (Thống đốc Michael Dukakis, đại diện cho Đảng Dân chủ tranh cử với George Bush năm 1988, là Chủ tịch Viện Michael Dukakis) sáng lập Viện Michael Dukakis Về Lãnh đạo Và Sáng Tạo vào 9/2017, và làm Giám đốc Viện Michael Dukakis. Viện Michael Dukakis tập trung vào các vấn đề về An ninh Mạng và Trí Tuệ Nhân Tạo

Khởi xướng sáng kiến Ngày Toàn Cầu về Hoà Bình và An Ninh Mạng 12/12 hàng năm. Sáng lập và là Phó Tổng biên tập Tạp chí Global Commons Review của Đại học UCLA.

Năm 2015, khởi xướng và là tác giả Bộ Chuẩn Mực Đạo Đức và Quy Tắc Ứng Xử Vì Hoà Bình Và An Ninh Mạng (ECCC), cùng với các đồng tác giả Thống đốc Michael Dukakis, giáo sư Thomas Patterson (Đại học Harvard), giáo sư John Quelch (Đại học Harvard), giáo sư John Savage (Đại học Brown), giáo sư Carlos Tores (Đại học UCLA).

Từ tháng 7/2015 là Chủ tịch Ủy ban Cố vấn Quóc Tế, Chương Trình Giáo dục Công dân Toàn cầu của UNESCO và Đại học California Los Angeles UCLA.

Tháng 9/2016 đồng sáng lập và là Tổng biên tập Mạng Giáo dục Công dân Toàn cầu (GCEN), đây sự hợp tác giữa Diễn đàn Toàn cầu Boston với Chương trình Giáo dục Công dân Toàn cầu UNESCO và Đại học UCLA.

Từ tháng 10/2016 đưa Chương trình Giáo dục Công dân Toàn cầu đến Việt Nam.

Khởi xướng Sáng kiến Ngày Hoà Giải Thế giới 9/9 hàng năm.

Là tác giả của Global Leader Scorecard  và Global Citizenship Scorecard cho Chương Trình Giáo dục Công dân Toàn cầu.

Là người khởi xướng Sáng Kiến của diễn Đàn Toàn Cầu Boston cho Hội nghị Thượng Đỉnh G7 hàng năm.